Kemudian pada tahun 2013, Nyono kembali lagi ke gelanggang Pilkada Jombang. Kali ini berpasangan dengan Nyai Munjidah Wahab dari PPP. Sementara lawannya adalah Widjono Suparno-Sumrambah diusung PDIP dan Munir Al Fanani-Wiwik Nuriati yang diusung PKB. Dalam pertarungan ini, pasangan Nyono-Mundjidah menang telak dalam pemilihan. Pasangan ini akhirnya menjabat sebagat bupati-wakil bupati Jombang 2013-2018. Jabatan Nyono akan habis pada 24 September 2018.
Di Pilkada serentak Juni 2018 ini, Nyono kembali maju lagi. Kali ini menggandeng Subaidi Muctar dari PKB dan keduanya sudah mendaftarkan diri ke KPU Jombang. Namun, ditengah-tengah menunggu penetapan calon, Nyono berurusan dengan lembaga antirasuah.
Nyono ditangkap KPK (Komisi Pemberantasan Korupsi) karena terkena OTT (operasi tangkap tangan) dalam sebuah acara di Solo Jawa Tengah. Kasus itu mulai merebet, beberapa pejabat Pemkab Jombang juga ikut diperiksa. Bahkan ruang kerja Kepala Dinas Kesehatan juga disegel oleh lembaga antirasuah.
(Angkasa Yudhistira)