Habibie pernah bekerja di Messerschmitt-Bölkow-Blohm, sebuah perusahaan penerbangan yang berpusat di Hamburg, Jerman. Pada 1973, ia kembali ke Indonesia atas permintaan Presiden ke-2 RI Soeharto.
Gebrakan Habibie saat menjabat Menteri Riset dan Teknologi (Menristek) diawalinya dengan keinginannya untuk mengimplementasikan "Visi Indonesia". Menurut Habibie, lompatan-lompatan Indonesia dalam "Visi Indonesia" bertumpu pada riset dan teknologi, khususnya pula dalam industri strategis yang dikelola oleh PT IPTN, Pindad dan PT PAL.
Targetnya, Indonesia sebagai negara agraris dapat melompat langsung menjadi negara Industri dengan penguasaan ilmu pengetahuan dan teknologi. Banyak karya-karyanya BJ Habibie, seperti pesawat yang dikenal pesawat Gatotkaca N-250 dan Pesawat R80.
Pesawat Gatotkaca N-250 melakukan penerbangan perdana pada 10 Agustus 1995 yang membuat Indonesia tercatat mampu membuat pesawatnya sendiri. Di luar negeri, BJ Habibie juga menorehkan berbagai prestasi, ia dipercaya melakukan proyek berskala internasional di luar negeri.
Di antaranya Habibie pernah terlibat dalam proyek desain serta konstruksi pesawat terbang seperti Fokker F 28, Transall C-130, Hansa Jet 320, Air Bus A-300, pesawat transport DO-31, CN-235, serta CN-250.