Anak juga dapat menjadi sumber penularan penyakit untuk anak yang lain, sehingga penyakit akan menyebar luas dan menjadi Kejadian Luar Biasa (KLB). Oleh karena itu layanan imunisasi rutin harus tetap diberikan di fasilitas pelayanan kesehatan sesuai jadwal.
Kondisi Pandemi COVID-19 memiliki dampak cukup serius terhadap layanan kesehatan, termasuk layanan imunisasi. Kementerian Kesehatan bekerja sama dengan UNICEF melakukan kajian situasi cepat dampak pandemi COVID-19 pada layanan imunisasi. Berdasarkan kajian yang dilakukan pada April 2020 tersebut, diketahui bahwa 84% Puskesmas mengalami perubahan layanan imunisasi dikarenakan adanya kebijakan pemerintah atau hal lain yang berkaitan dengan pandemi COVID-19.
Perubahan terjadi di level Puskesmas dan Posyandu, dimana ada Puskesmas yang hanya memberikan layanan imunisasi di Puskesmas saja dan memberhentikan seluruh layanan posyandu, ada juga Puskesmas yang tetap memberikan layanan posyandu dengan menerapkan protokol pencegahan COVID-19, serta ada Puskesmas yang sama sekali tidak memberikan layanan imunisasi baik di Puskesmas maupun posyandu. Padahal Posyandu dan Puskesmas merupakan fasilitas pelayanan kesehatan primer yang menjadi kekuatan utama pelaksanaan imunisasi ini.
Terkendalanya layanan imunisasi ini dikarenakan berbagai masalah, seperti keraguan petugas dalam penyelenggaraan pelayanan imunisasi di tengah pandemi, kekhawatiran masyarakat untuk datang ke fasiltas pelayanan kesehatan karena takut tertular COVID-19, adanya pengalihan dukungan anggaran untuk pelaksanaan penanggulangan Pandemi COVID-19, petugas imunisasi diperbantukan untuk penanganan pandemi, gangguan transportasi akibat pembatasan perjalanan dan penutupan sekolah.
Kementerian Kesehatan sudah mengeluarkan kebijakan penyelenggaraan program imunisasi nasional dalam masa pandemi COVID-19. Dimulai dari dikeluarkannya Surat Edaran Dirjen P2P pada 24 Maret 2020 tentang Pelayanan Imunisasi pada Anak selama masa Pandemi COVID-19. Kemudian diperkuat dengan dikeluarkannya Petunjuk Teknis Pelayanan Imunisasi pada Masa Pandemi COVID-19.