Setelah Jepang kalah, pabriknya mulai berjalan lagi, lalu Belanda melancarkan Agresi Militer I pada pertengahan 1947.
Setelah Belanda kalah, produksinya kala itu tidak bisa banyak karena cengkeh langka. Bisnisnya semakin mundur dan kretek Bal Tiga semakin sulit bersaing di pasaran. Di Kudus mulai muncul Nojorono dan Djarum.
Nitisemito dikenal dekat tokoh-tokoh pergerakan Kemerdekaan Indonesia, seperti Sukarno, Mohammad Hatta, Serikat Islam dan Muhammadiyah.
Ia menjadi donatur bagi kaum pergerakan nasional, Nitisemito juga menyediakan villanya di Salatiga sebagai tempat pertemuan rahasia dengan Bung Karno maupun para pejuang kemerdekaan lainnya.
Ketika terjadi Agresi Militer Belanda (1947-1949), Nitisemito meminta putranya, Soemadji untuk menjadikan rumahnya dan membuat dapur umur sebagai tempat penampungan Komandan Batalyon 423, Mayor Basuno beserta istri dan para pembantu dekatnya.
(Qur'anul Hidayat)