Wakil Ketua II CC PKI itu berujar "PKI tidak bertanggung jawab atas peristiwa G 30S". "Kejadian itu adalah masalah internal Angkatan Darat". Secara implisit Njoto mengarah pada gerakan Dewan Jendral.
John Roosa, sejarawan University of British Columbia, Kanada dalam buku Dalih Pembunuhan Massal menulis G 30S memang dirancang tanpa sepengetahuan Njoto. Pemimpin Redaksi Harian Rakyat itu sudah lama dijauhkan dari proses pengambilan keputusan penting di Politbiro PKI.
Aidit menganggap Njoto lebih Soekarnois ketimbang Komunis. Njoto juga teridentifikasi lebih condong ke poros komunis Uni Soviet daripada poros Peking (RRC) yang menjadi garis partai (PKI). Dalam catatan memoarnya, Oei Tjoe Tat menuliskan Njoto sempat menegaskan
"Gestapu-stommilingen (orang-orang goblok gestapu)". Orang-orang goblok yang merugikan komunisme. Di sidang kabinet kedua 6 November 1965 Njoto masih juga terlihat. Dia mengatakan adanya keterlibatan kinderkrankheit Nasionalisme. Dia menyebut di wilayah Surabaya, Magelang dan Semarang. Kinderkrankheit Nasionalisme adalah golongan nasionalis kanak-kanak yang turut membantai orang-orang komunis.