“Di bawah bendera merah putih ini terlalu banyak kawan sudah jadi korban. Bendera ini sama haknya dengan (Presiden) Soekarno. Bendera ini kita punya. Itu dan Pancasila tidak akan dilepaskan,” tegas Kawilarang.
Semua pengikut Permesta diberi amnesti dan abolisi lewat Keppres 322/1961. Sementara Sumual yang sempat ikut gerakan RPI, akhirnya menyerahkan diri pada medio Oktober 1961 dan juga ikut diampuni – kecuali para anasir RPI yang berafiliasi dengan DI/TII.
Sebagaimana konflik di manapun, gerakan ini menimbulkan derita pada rakyat. Menurut keterangan Kepala Staf Angkatan Darat (KSAD) Mayjen Abdoel Haris Nasution, sekira 15 ribu korban jiwa di Minahasa, 394 desa di seluruh Sulawesi Tengah dan Utara musnah. Sekitar 2.499 nyawa prajurit TNI melayang dan di pihak PRRI/Permesta 22.174 tewas.
(Qur'anul Hidayat)