Dalam kerangka ini, Khittah 1926 bukan sekadar penegasan identitas organisasi, melainkan sebuah pilihan rasional yang mempertimbangkan konsekuensi politik serta peluang yang tersedia dalam konfigurasi kekuasaan nasional. Dengan demikian, pragmatisme politik NU tidak dapat dipahami sebagai bentuk oportunisme, melainkan sebagai strategi adaptif yang menggunakan instrumen paling efektif untuk mempertahankan pengaruh sosial-keagamaan sekaligus memperluas kontribusinya dalam kehidupan kebangsaan (Weber, 1978, hlm. 24–26).
Memasuki era Reformasi 1998, relasi Nahdlatul Ulama (NU) dengan politik praktis kembali mengalami transformasi yang signifikan. Berakhirnya rezim otoritarian Soeharto membuka ruang demokrasi yang lebih luas sehingga warga dan kader NU memiliki kebebasan untuk berpartisipasi dalam berbagai partai politik, baik yang berhaluan Islam maupun nasionalis. Berbeda dengan periode sebelumnya yang cenderung terikat pada satu kendaraan politik tertentu (yakni Partai Persatuan Pembangunan atau PPP), pada era Reformasi pengaruh politik NU berkembang secara lebih tersebar melalui beragam institusi dan saluran demokrasi. Pola tersebut menunjukkan bahwa NU lebih memilih mempertahankan posisinya sebagai organisasi sosial-keagamaan yang memberikan orientasi moral dan kebangsaan, sementara pilihan politik praktis diserahkan kepada preferensi masing-masing warganya (Bush, 2009, hlm. 87–110).
Dinamika ini sejalan dengan konsep polyarchy yang dikemukakan oleh Robert A. Dahl (1971) dalam Polyarchy: Participation and Opposition (New Haven, CT: Yale University Press), yaitu suatu tatanan demokrasi yang ditandai oleh terbukanya kompetisi politik, pluralitas pusat kekuasaan, serta partisipasi warga negara dalam memengaruhi proses pengambilan kebijakan publik melalui berbagai organisasi dan kelompok kepentingan.
Meskipun demikian, penyebaran kader NU ke berbagai partai juga melahirkan negosiasi kepentingan yang semakin kompleks. Di satu sisi, keberadaan kader NU dalam pemerintahan memperbesar peluang memperjuangkan aspirasi warga Nahdliyin, seperti penguatan pendidikan pesantren, ekonomi umat, moderasi beragama, dan perlindungan kelompok rentan. Namun di sisi lain, kedekatan elite NU dengan kekuasaan sering menimbulkan kritik mengenai independensi organisasi. Martin van Bruinessen (1994) dalam NU: Tradisi, Relasi-Relasi Kuasa, Pencarian Wacana Baru (Yogyakarta: LKiS, hlm. 23–41) menjelaskan bahwa relasi antara kiai dan negara secara historis selalu berada dalam dinamika yang kompleks. Di satu sisi, kiai mengemban otoritas moral-keagamaan yang menuntut konsistensi terhadap nilai-nilai Islam dan kepentingan umat, sementara di sisi lain mereka tidak dapat sepenuhnya melepaskan diri dari realitas politik praktis yang sering kali menuntut kompromi dan negosiasi. Ketegangan antara idealisme keagamaan dan pragmatisme politik inilah yang menjadi salah satu karakter utama hubungan kiai dengan negara di Indonesia.