Pasca penangkapan, Aidit dibawa ke Loji Gandrung. Di sana, seorang tentara berpangkat mayor sempat mencoba mengambil alih penangkapan Aidit. Namun, upaya itu ditolak oleh Komandan Brigade Mayjen Yasir Hadibroto.
Sesuai dengan perintah Jenderal Soeharto, Yasir kemudian memerintahkan anak buahnya, Mayor ST untuk mencari sumur tua tak berair. Di sumur kering itulah kelak hidup Aidit berakhir di hadapan regu tembak.
Saat akan dieksekusi, Aidit sempat mengingatkan para aparat militer bahwa dirinya adalah seorang Menko dalam Kabinet Dwikora.
"Tahu kamu artinya apa seorang Menko? Seorang Wakil Ketua MPR Sementara kemari? Apa ini sumur? Untuk apa?" katanya kepada Mayjen Yasir Hadibroto. Namun gertakan Aidit kali ini tidak berpengaruh.
Pertanyaan Aidit itu kemudian dijawab oleh Yasir.