Perjalanan organisasi FPI sendiri belakangam menjadi kontroversi setelah terkenal dengan aksi-aksinya yang dilakukan sejak 1998 utamanya yang dilakukan oleh Laskar Pembela Islam.
Aksi sweeping penutupan tempat hiburan malam, konflik dengan organisasi berbasis agama lain juga menambah citra buruk bagi organisasi FPI.
Habib Rizieq, sebagai ketua FPI menyatakan bahwa FPI merupakan gerakan lugas dan tanpa kompromi sebagai cermin dari ketegaran prinsip dan sikap.
Menurut Habib Rizieq kekerasan yang dilakukan FPI dikarenakan kemandulan dalam sistem penegakan hukum dan berkata bahwa FPI akan mundur bila hukum sudah ditegakkan.
Dia menolak anggapan bahwa beberapa pihak menyatakan FPI anarkis dan kekerasan yang dilakukannya merupakan cermin kebengisan hati dan kekasaran sikap