Hingga kini, meninggalnya Kebokanigoro masih menjadi perdebatan. Ada pihak yang meyakini Kebokanigoro dimakamkan di Desa Turgo, lereng Gunung Merapi.
Ada juga pendapat sang pertapa itu dikremasi lantaran penganut Dewa Shiva Budha. Namun ada juga beberapa orang yang menyebut Kebokanigoro moksa di Selo Boyolali yang kini menjadi petilasan.
Kebokanigoro meninggal dunia setelah mengetahui akan adanya sosok keturunan Brawijaya V yang meneruskan kerajaan Jawa, yakni Jaka Tingkir sang pendiri Kerajaan Pajang, Solo. Kerajaan inilah yang menjadi kelanjutan dari Kerajaan Demak.
(Erha Aprili Ramadhoni)