Pemberangkatan dimulai dari belakang rumah Bung Karno di Pegangsaan Timur No.56. Diketahui pula ada sebanyak 15 pasukan khusus yang disiapkan untuk mengawal para tokoh bangsa.
Selama 15 jam perjalanan, pengawalan serta pengamanan diperketat, akhirnya pada Jumat 4 Januari 1946 sekitar pukul 09.00 WIB rombongan tiba di Yogyakarta dengan selamat.
Setelah pimpinan negara berhasil pindah ke Yogyakarta, pada malam harinya, Wakil Menteri Penerangan RI, Mr. Ali Sastroamidjojo dalam siaran RRI mengumumkan secara resmi pemindahan pemerintahan RI ke Yogyakarta pada tanggal 4 Januari 1946.
Alasan pemindahan ibu kota tersebut dilakukan lantaran keadaan Jakarta yang semakin memburuk dan tidak aman. Terlebih fasilitas di Yogyakarta cukup memadai untuk dijadikan ibu kota sementara, sebab kota ini memiliki sistem pemerintahan yang telah terorganisir cukup baik.
Disamping itu pula, secara de facto dan de jure Yogyakarta merupakan wilayah kedaulatan RI. Dengan demikian, sejak tanggal 4 Januari 1946, Yogyakarta resmi menjadi ibukota Indonesia. Presiden kemudian berkantor di Gedung Agung yang terletak di seberang bekas benteng Kompeni Vredeburg.
Sebagai informasi tambahan setelah perjanjian KMB dan pengakuan kedaulatan RI oleh Belanda, pada tahun 1949 ibukota Indonesia akhrinya kembali lagi ke Jakarta.
(Rahman Asmardika)