Khomeini menetap di An Najaf, sebuah kota suci Syiah di seberang perbatasan di Irak, dan mengirimkan rekaman khotbahnya ke Tanah Air, yang terus mendorong pengikut dan muridnya menentang pemerintahan Shah.
Keluar dari preseden dengan tradisi Syiah yang mengecilkan partisipasi ulama dalam pemerintahan, ia menyerukan para pemimpin Syiah untuk memerintah Iran.
Pada 1970-an, Mohammad Reza semakin membuat marah kaum fundamentalis Islam di Iran dengan mengadakan perayaan yang luar biasa dari 2.500 tahun monarki Persia pra-Islam dan mengganti kalender Islam dengan kalender Persia. Dengan semakin besarnya ketidakpuasan, pemerintahan Shah menjadi lebih represif, dan dukungan untuk Khomeini tumbuh.
Pada 1978, demonstrasi anti-Shah besar-besaran pecah di kota-kota besar Iran. Anggota kelas bawah dan menengah yang tidak puas bergabung dengan mahasiswa radikal, dan Khomeini menyerukan agar Shah segera digulingkan. Pada Desember, tentara memberontak, dan pada 16 Januari 1979, Shah Mohammad Reza Pahlavi melarikan diri dari Iran.
Khomeini tiba di Teheran dengan kemenangan pada 1 Februari 1979, dan diakui sebagai pemimpin Revolusi Iran. Dengan semangat keagamaan yang tinggi, ia mengonsolidasikan otoritasnya dan berangkat untuk mengubah Iran menjadi negara Islam.
Pada 4 November 1979, peringatan 15 tahun pengasingannya, mahasiswa menyerbu kedutaan AS di Teheran dan menyandera staf. Dengan persetujuan Khomeini, kaum radikal menuntut kembalinya Syah ke Iran dan menyandera 52 orang Amerika selama 444 hari.