Lengsernya Presiden Abdurrahman Wahid membuatnya turut melepas jabatan sebagai menteri untuk periode 1999-2001. Kendati tak lagi menjabat sebagai menteri, ia pun beralih dengan mencalonkan diri dalam pemilihan gubernur (Pilgub) Jawa Timur 2008, dan 2013 namun belum berhasil.
Pada Pilpres 2014, Khofifah diminta menjadi salah satu juru bicara politik pasangan Jokowi-JK. Kemenangan Jokowi membuatnya kembali menjadi menteri sosial pada kabinet Kerja 2014-2019.
Pada 2019, di masa pemilihan gubernur, ia kembali mencalonkan diri bersama Emil Elestianto Dardak. Pencalonan ketiganya kini berbuah hasil, dan ia pun menjadi gubernur Jatim periode 2019-2024.
Terlepas dari kiprah politiknya itu, dalam kehidupan pribadinya banyak yang menyorot tentang kedekatannya dengan ulama besar penyebar syiar agama Islam. Adapun berikut ini silsilah keluarga dari Khofifah Indar Parawansa yang tak banyak orang tahu.