Namun, pernikahan yang buruk dan serangkaian kesalahan perhitungan politik membuatnya melarikan diri dari Skotlandia dan menghabiskan 19 tahun terakhir hidupnya sebagai tawanan sepupunya, Ratu Elizabeth. Dia akhirnya dipenggal pada 8 Februari 1587 karena dugaan perannya dalam komplotan untuk membunuh ratu Inggris.
Nasib tragisnya membuatnya menjadi martir bagi umat Katolik Roma dan dia telah menjadi daya tarik bagi para sejarawan, novelis, dan pembuat film.
Tim ilmuwan komputer George Lasry, pianis Norbert Biermann, dan astrofisikawan Satoshi Tomokiyo - semuanya kriptografer yang kawakan - awalnya mengira kumpulan dokumen yang disandikan terkait dengan Italia, karena begitulah cara surat-surat itu dikelompokkan di Bibliothèque Nationale de France.
Namun, mereka segera menyadari bahwa surat-surat itu dalam bahasa Prancis. Banyak kata kerja dan bentuk kata sifat yang feminin, penyebutan penangkaran secara teratur, dan nama yang berulang - seperti Walsingham - semuanya menempatkan mereka pada jejak Mary. Sir Francis Walsingham adalah kepala intel Ratu Elizabeth.
Kode itu adalah sistem pengganti sederhana di mana simbol mewakili huruf, atau kata dan nama umum. Tapi masih butuh waktu berabad-abad untuk mengolah semua kemungkinan, jadi tim menggunakan algoritme yang sesuai dengan kemungkinan solusi.