Sholat Istikharah membuatnya menentukan sikap dan pilihannya mengikuti test menjadi taruna AKABRI terbukti. Berdasarkan Surat Keputusan Menteri Utama Bidang Pertahanan No. Kep-08/1/1967 Tanggal 19 Januari 1967 Tentang Pengangkatan Calon Taruna AKABRI, Subagyo HS diterima menjadi taruna dengan menempati nomor urut 292 dari 1.093 taruna.
Subagyo selanjutnya mempersiapkan diri mengikuti pendidikan di kawah Candradimuka Akmil Magelang. Tak lupa dirinya meminta doa ke orangtua sebelum berangkat menuju Magelang.
Karier Subagyo Bersinar
Karier Subagyo dimulai dari Korps Baret Merah Kopassus yang saat itu bernama Kopassanda. Di awal tugasnya, Subagyo dikirim ke medan operasi di Kalimantan Barat untuk menumpas kelompok bersenjata PGRS/Paraku pada 1972.
Tugas itu dijalankan dengan sukses. Ia bertugas menjadi Danton 1 Kompi 2 Grup 2 Kopassus. Kemudian, Subagyo kemudian pindah ke Grup 3 Kopassus, Dan Karsa Yudha 2 Grup 4. Termasuk menjadi Dandenpur 13 Grup 1 Serang hingga menjadi Wadan Grup 2 Kartasura, Solo.
Subagyo yang berpangkat Kapten mendapat tugas operasi di Timor Timur (Timtim) sekarang bernama Timor Leste sebagai Komandan Nanggala 41 Pada Maret 1980. Kariernya kian melesat setelah berbagai tugas dilaksanakan dengan baik.
Subagyo pun menjadi salah satu prajurit Kopassus yang mendapatkan Kenaikan Pangkat Luar Biasa (KPLB) saat Operasi Woyla di Bandara Don Mueang, Thailand pada 1981.