Pengalamannya di medan operasi sebagai prajurit pasukan khusus memberikan pelajaran berharga saat menjalankan tugas teritorial. Subagyo berhasil meredam kerusuhan massa di Pekalongan. Subagyo juga berhasil menjaga kelancaran prosesi pemakaman Ibu Negara yakni, Ibu Tien Soeharto.
Lepas dari Kodam IV/Diponegoro, Subagyo diangkat menjadi Wakasad menggantikan FX Sudjasmin yang memasuki masa pensiun. Dirinya dilantik oleh KSAD Jenderal TNI Hartono pada Juni 1997 di Mabes TNI AD, Jakarta Pusat.
Kariernya terus moncer, Subagyo langsung dipromosikan menjadi Kepala Staf Angkatan Darat (KSAD) setelah delapan bulan menduduki jabatan sebagai Wakasad.
Jabatan KSAD merupakan puncak tertinggi karier militer di Angkatan Darat. Kala itu, Subagyo menggantikan Jenderal TNI Wiranto yang diangkat menjadi Panglima TNI.
(Arief Setyadi )