Maka gemparlah Kota Medan karena ada seorang kepala polisi yang tidak mempan disogok. Setelah sukses bertugas di Medan, Hoegeng kembali ke Jakarta. Untuk sementara dia dan istri menginap di garasi rumah mertuanya di Menteng. Kemudian dia ditugasi sebagai Kepala Jawatan Imigrasi.
Sehari sebelum diangkat, dia menutup usaha kembang yang dijalankan istrinya di Jalan Cikini karena khawatir orang-orang yang berurusan dengan imigrasi sengaja memborong bunga untuk mendapatkan fasilitas tertentu. Selepas dari sini, atas usul dari Sultan Hamengku Buwono IX, Hoegeng diangkat menjadi Menteri Iuran Negara dalam Kabinet "Seratus Menteri " Juni 1965. Tahun 1966 dia kembali ke kepolisian sebagai deputi operasi dan tahun 1968 menjadi panglima angkatan kepolisian.
Dalam jabatan ini terjadi beberapa kasus yang menarik perhatian publik seperti Sum Kuning, penyelundupan Robby Tjahyadi, dan tewasnya mahasiswa ITB Rene Coenrad. Keuletan menuntaskan kasus besar itu mengakibatkan Hoegeng diberhentikan oleh Presiden Soeharto walaupun masa jabatannya sebetulnya belum berakhir.
(Qur'anul Hidayat)