Lalu pada 1945 Belanda berhasil meraih kekuasaannya kembali di Indonesia. Sejak saat itu RS Angkatan Darat dirubah kembali namanya menjadi Marine Hospital atau RS AL Belanda hingga tahun 1949.
Pasca kemerdekaan Indonesia, RS AL Belanda telah diambil alih oleh bangsa Indonesia dan namanya dirubah menjadi Rumah Sakit Oemoem Soerabaja di bawah Departemen Kesehatan RI. Nama rumah sakit lalu dirubah kembali menjadi Rumah Sakit Umum Pusat (RSU Pusat).
Tahun 1951 hingga 1954, RS Simpang dipindahkan ke Karangmenjangan, namun untuk pelayanan bedah akut masih di rumah sakit ini.
Berlanjut pada 1964 dimana Menteri Kesehatan menerbitkan SK. Menkes RI. 20 Mei 1964 No.26769/KAB/76 dimana nama RSUP Surabaya dirubah namanya menjadi RS Dr. Soetomo. Sebagai informasi, Dr. Soetomo merupakan salah satu tokoh pendiri Budi Utomo yang berprofesi sebagai dokter.