"Sengaja meluncurkan serangan yang tidak proporsional... adalah kejahatan perang," terang kelompok itu, dikutip BBC.
Amnesty menyelidiki sembilan serangan, termasuk yang menargetkan tiga komandan PIJ di rumah mereka.
Amnesty juga mengatakan pihaknya mengidentifikasi pola penghancuran properti yang luas di Gaza sebagai akibat dari serangan Israel yang gagal memenuhi pengecualian di mana menyerang rumah dan objek sipil lainnya akan dibenarkan.
Pernyataan itu mengutip penargetan pada 13 Mei dari sebuah bangunan empat lantai di kamp pengungsi Jabaliya yang menampung 42 orang dari keluarga besar Nabhan.
Amnesty tidak menemukan bukti bahwa bangunan tersebut pernah digunakan untuk menyimpan senjata atau peralatan militer lainnya, atau bahwa roket telah diluncurkan di dekatnya.
"Dalam penyelidikan kami, kami mendengar laporan yang jelas tentang bom yang menghancurkan rumah, ayah yang menggali gadis kecil mereka dari bawah puing-puing, seorang remaja yang terluka parah saat dia berbaring di tempat tidur sambil memegang boneka beruang," kata Direktur Amnesti Timur Tengah Heba Morayef.
"Yang lebih menakutkan dari semua ini adalah hampir pasti bahwa, kecuali para pelaku dimintai pertanggungjawaban, adegan mengerikan ini akan terulang kembali,” lanjutnya.
Seorang juru bicara PIJ mengatakan kelompok itu menyambut baik laporan Amnesty itu.