Sebagian dari gajinya pun diberikan kepada keluarga para korban, sebagai modal agar mereka dapat berdagang kecil-kecilan. Dengan demikian, kehidupan anak-anak mereka tertolong. Cara-cara yang dilakukan Gatot, ternyata diketahui komandannya. Karena itu, ia sering mendapat teguran.
Di depan komandannya ia patuh, tetapi di belakang ia tetap melanjutkan bantuannya kepada rakyat kecil walaupun berakibat sebagian biaya sekolah adiknya yang ia tanggung harus dikurangi. Setelah Jepang menduduki Indonesia, Gatot Subroto mengikuti pendidikan Pembela Tanah Air (PETA), organisasi militer Jepang yang merekrut tentara pribumi untuk berperang, di Bogor. Di sanalah karier Gatot Subroto merangkak naik.
Selepas lulus dari pendidikan PETA, ia diangkat menjadi komandan kompi di Banyumas, sebelum ditunjuk menjadi komandan batalion. Setelah kemerdekaan, Gatot Subroto memilih masuk Tentara Keamanan Rakyat (TKR).
Kariernya berlanjut hingga dipercaya menjadi Panglima Divisi II, Panglima Corps Polisi Militer, serta Gubernur Militer Daerah Surakarta dan sekitarnya. Selama menjabat sebagai komandan kompi dan komandan batalion, Gatot Subroto dinilai sering memihak kepada rakyat pribumi.
Hal itulah yang seringkali membuat ia ditegur oleh atasannya. Meski sering mendapat teguran dari atasan, Gatot Subroto tidak kapok. Hal itu justru membuat Gatot Subroto mendapatkan angin segar untuk sekadar 'menakuti' pihak Jepang. Saat itu, ia mengancam mengundurkan diri sebagai komandan kompi dengan melemparkan atribut senjata perangnya.
Melihat tindakan berani Gatot Subroto, atasannya kemudian meluluskan apa yang dikerjakan Gatot Subroto, yakni memihak pribumi, terlebih rakyat kecil. Ia juga menentang Jepang jika berbuat semena-mena dan kasar terhadap anak buahnya.