Peristiwa 17 Juli, Indonesia Lancarkan Operasi Seroja hingga Duduki Timor Timur

Pada akhir tahun, 10.000 tentara menduduki Dili dan 20.000 lainnya telah dikerahkan di seluruh Timor Leste. Kalah jumlah, pasukan FALINTIL melarikan diri ke gunung-gunung dan terus melancarkan operasi tempur gerilya.

Sepanjang 1976, militer Indonesia menggunakan strategi di mana tentara berusaha untuk berpindah ke pedalaman dari wilayah pesisir untuk kemudian bergabung dengan pasukan yang diterjunkan lebih jauh ke pedalaman.

Namun, strategi ini tidak berhasil dan pasukan menerima perlawanan keras dari Falintil. Misalnya, butuh 3.000 pasukan Indonesia dan empat bulan untuk menguasai kota Suai, sebuah kota di selatan yang berjarak hanya tiga kilometer dari pantai.

Militer terus membatasi semua orang asing dan Timor Barat memasuki Timor Timur, dan Soeharto mengakui pada bulan Agustus 1976 bahwa Fretilin "masih memiliki beberapa kekuatan di sana-sini."

Pada April 1977, militer Indonesia menghadapi jalan buntu. Tentara tidak membuat kemajuan terhadap daerah kekuasaannya selama lebih dari enam bulan, dan invasi tersebut telah menarik peningkatan publisitas di mata internasional yang merugikan.

Pengepungan, pemusnahan, dan pembersihan akhir (1977–1978).

Pada bulan-bulan awal tahun 1977, Angkatan Laut Indonesia memesan rudal, penembak patroli, dan kapal dari Amerika Serikat, Australia, Belanda, Korea Selatan, dan Taiwan, serta kapal selam dari Jerman Barat.