Diketahui, pada April 1996, sejumlah intelektual muda dan aktivis mendeklarasikan Partai Rakyat Demokratik (PRD). Budiman Sudjatmiko didapuk menjadi ketua.
Tiga bulan setelahnya, tepatnya 27 Juli 1996, terjadi kerusuhan akibat perebutan kantor DPP PDI di Jalan Diponegoro Jakarta. Oleh pemerintahan Presiden Soeharto, Budiman dituduh terlibat karena dianggap mendalangi Mimbar Bebas selama sebulan sebelum kerusuhan terjadi. Ia divonis bersalah dan dijatuhi hukuman 13 tahun penjara.
Namun Budiman hanya menjalani hukuman selama 3,5 tahun setelah diberi amnesti oleh Presiden Abdurrahman Wahid atau Gus Dur pada 10 Desember 1999.
Usai bebas dari penjara, Budiman kemudian melanjutkan studi Ilmu Politik di Universitas London dan Master Hubungan Internasional di Universitas Cambridge, Inggris. Setelah kembali ke Tanah Air, pada akhir 2004, Budiman bergabung dengan PDIP. Selain itu, Budiman membentuk Relawan Perjuangan Demokrasi (Repdem), sebuah organisasi sayap partai.
Ia kemudian terpilih menjadi anggota DPR dari dapil Jawa Tengah VII meliputi Banyumas dan Cilacap pada Pemilu 2009. Selang 5 tahun kemudian, ia kembali terpilih menjadi anggota dewan. Ia duduk di Komisi II DPR, yang membidangi pemerintahan dalam negeri, otonomi daerah, aparatur negara, dan agraria.