Selain pembatasan interaksi jaksa dan penyidik yang hanya berlangsung saat pelimpahan tersangka, sejumlah hal krusial lain turut menjadi catatan dalam kegiatan ini. Ahli hukum dari Universitas Brawijaya, Fachrizal Afandi mengkritik penerapan konsep “penyidik utama” seperti yang tertuang dalam Pasal 7 RKUHAP. Selaintidak dikenal dalam sistem hukum acara pidana Indonesia, konsep ini juga berpotensi menempatkan penyidik pada posisi yang menyerupai hakim.
“Dalam banyak ketentuan, penyidik diberi kewenangan untuk memanggil, menetapkan status, bahkan menilai keberatan atas penahanan. Ini menciptakan situasi di mana penyidik bukan hanya pelaksana penyelidikan, tetapi juga penafsir tunggal atas prosedur dan kebenaran. Itu sangat berbahaya dalam kerangka due process,” tegasnya.
Ia menambahkan, bahwa kewenangan luas ini membuat penyidik dapat bertindak sebagai eksekutor, evaluator, bahkan quasi-judicial authority, yang seharusnya menjadi kewenangan lembaga peradilan. Fachrizal menjelaskan RKUHAP 2025 secara konseptual gagal menjawab kebutuhan akan sistem peradilan pidana yang modern. Salah satu temuan dalam DIM adalah bahwa RKUHAP tidak menyediakan mekanisme pelaksanaan terhadap jenis-jenis pidana baru seperti pidana pengawasan, kerja sosial, dan pidana bersyarat yang telah diatur dalam KUHP.
Selain itu, ketentuan penahanan tanpa persetujuan hakim, seperti yang diatur dalam pasal 87 dan pasal 92-94 RKUHAP 2025, dinilai merupakan kemunduran dari prinsip judicial scrutiny dan bertentangan secara frontal dengan amanat Pasal 9 ayat (3) Konvenan Internasional tentang Hak Sipil dan Politik (ICCPR) yang telah diratifikasi melalui UU No. 12 Tahun 2005.
"Tanpa izin hakim, penahanan tidak lebih dari bentuk pemidanaan dini (pretrial punishment) yang merampas hak kebebasan seseorang tanpa kontrol objektif dari lembaga peradilan,” ujarnya.