Pada masa pemerintahan Presiden Susilo Bambang Yudhoyono (SBY), Widodo menjabat Menteri Koordinator Bidang Politik, Hukum, dan Keamanan (Menko Polhukam) pada periode 2004–2009.
Pengalamannya di pemerintahan berlanjut ketika ia dipercaya menjadi anggota Dewan Pertimbangan Presiden (Wantimpres) pada periode 2010–2014.
Widodo juga pernah menjalankan tugas sebagai Menteri Dalam Negeri ad interim pada 2 April hingga 29 Agustus 2007. Selain itu, ia menjabat Menteri Negara Pendayagunaan Aparatur Negara ad interim pada 1–20 Oktober 2009.
Berbagai jabatan tersebut menunjukkan kiprah Widodo yang tidak hanya terbatas pada sektor pertahanan dan keamanan, tetapi juga mencakup bidang politik serta administrasi pemerintahan.