Kementerian Pertahanan AS, atau yang juga dikenal dengan nama Pentagon, tidak secara terbuka mengakui nama SEAL Team 6. Nama yang digunakan oleh unit ini adalah Naval Special Warfare Development Group (Kelompok Pengembangan Perang Khusus Angkatan Laut) sebagai persetujuan bagi misi-misi resmi untuk mengembangkan peralatan dan taktik perang untuk organisasi SEAL secara umum.
Aksi-aksi yang dilakukan oleh SEAL Team 6 tidak jarang merupakan misi rahasia. Pada 2009 sebuah serangan yang dipimpin oleh anggota Team 6 yang beranggotakan operatif dari Dinas Intelijen AS (CIA) dan pasukan militer Afghanistan berakhir dengan kematian para pemuda Afghanistan. Kejadian in menimbulkan ketegangan antara Pakta Pertahanan Atlantik Utara (NATO) dengan Pemerintah Afghanistan.
JSOC saat itu menyelidiki kejadian tersebut, namun tidak menyebutkan keterlibatan Team 6 kepada penyelidik dari Angkatan Laut AS. Dalam pernyataannya JSOC hanya mengatakan setiap kesalahan yang terjadi akan ditindaklanjuti dengan serius.
Meski tidak selalu berakhir dengan sukses, namun beberapa pihak mengakui perlunya unit operasi khusus seperti SEAL Team 6 untuk bergerak dengan penuh kerahasiaan.
“Jika Anda menginginkan pasukan seperti ini untuk sesekali melanggar hukum internasional, maka Anda tentu tidak ingin tindakan mereka diketahui publik,” kata mantan Komandan NATO James G. Stavridis, seperti dikutip dari Sputnik, Minggu (7/6/2015).