Pada era Orde Baru, kedua negara lebih mengedepankan perjanjian bilateral untuk membahas perbatasan kedua negara termasuk Blok Ambalat. Sayangnya, hingga akhir masa kekuasaannya Blok Ambalat masih menjadi sengketa kedua negara.
Pihak Malaysia secara sepihak mengklaim Pulau Sipadan dan Ligitan masuk ke wilayahnya, hal inipun segera mendapat protes dari Indonesia. Sengketa kedua negara ini harus diselesaikan melalui Mahkamah Internasional pada 2002. Hasilnya 16 hakim menyatakan Sipadan dan Ligitan milik Malaysia sedangkan hanya satu hakim saja yang mengatakan pulau tersebut milik Indonesia.
Lepasnya Pulau Sipadan dan Ligitan membuat Indonesia segera beralih untuk mempertahankan Blok Ambalat dengan menempatkan TNI di wilayah tersebut. Hingga berita ini ditayangkan, pelanggaran batas negara masih saja sering terjadi di Blok Ambalat, Pemerintah Indonesia diminta bertindak tegas agar Blok Ambalat tidak lepas ke Malaysia.
(Muhammad Saifullah )