Selanjutnya untuk arus balik, Kemenhub telah menyediakan penangkutan motor dari kota Tasikmalaya, Cirebon, Kudus, Ciamis, Garut, Semarang, Solo, Yogyakarta menuju Jakarta. Pengangkutan motor akan dilakukan pada tanggal 29 dan 30 Juni. Sedangkan truk yang mengangkut kendaraan roda dua akan berangkat pada tanggal 30 Juni dan bus berangkat keesokan harinya pada 1 Juli 2017.
Selanjutnya, bagi pemudik yang menggunakan moda transportasi kereta api pendaftaran via online tahap II sudah dibuka sejak 17 April hingga 4 Juli di laman resmi www.mudikgratis.dephub.go.id. Terdapat 3 daerah tujuan angkut motor gratis menggunakan kereta api, yakni lintas utara dari Stasiun Jakarta Gudang sampai Pasar Turi di Surabaya. Perjalanan itu untuk pergi dan pulang.
Lalu lintas selatan 1 dari Stasiun Jakarta Gudang menuju Stasiun Kutoarjo juga untuk pergi dan pulang. Kemudian melalui lintas selatan 2 dari Stasiun Jakarta Gudang menuju Stasiun Kediri juga untuk pergi dan pulang.
Pemudik dengan Kapal KMP 5000 GT
Calon pemudik yang akan memilih angkutan penyeberangan dalam arus mudik dan balik juga dapat menggunakan Kapal KMP 5000 GT. Pemudik tersebut nantinya dapat melanjutkan perjalanan dengan menggunakan kendaraan roda dua yang sebelumnya juga dititipkan di dalam kapal.
Pendaftaran hanya dibuka secara offline mulai dari tanggal 17 Juni hingga 2 hari sebelum keberangkatan. Bagi calon pemudik bisa mendaftar di Kantor Dishub Depok, Kantor Dishub Bekasi, Kantor Dishub Tangerang dan Kantor PT ASDP Pusat.
Terdapat dua kota tujuan yang telah dipersiapkan dalam perjalanan dari Jakarta menuju Yogyakarta dan Jakarta menuju Lampung. Keberangkatan menuju Yogyakarta akan dilaksanakan pada tanggal 17, 19, 21 dan 23 Juni. Sementara untuk tujuan Lampung pada tanggal 21 dan 23 Juni.
Kemenhub menargetkan kendaraan roda dua yang bisa diangkut dari setiap keberangkatannya sebanyak 500 kendaraan, sedangkan target penumpangnya kurang lebih sebanyak 1.000 orang.