Selain di Jawa, pembangunan jalur kereta api dilaksanakan di Aceh, pada tahun 1876, Sumatera Utara; pada 1889, Sumatera Barat; pada 1891, Sumatera Selatan; pada 1914, dan Sulawesi, pada tahun 1922.
Sementara untuk di Kalimantan, Bali, dan Lombok hanya dilakukan studi mengenai kemungkinan pemasangan jalan rel, belum sampai tahap pembangunan.
Sampai akhir tahun 1928, panjang jalan kereta api dan trem di Indonesia mencapai 7.464 km dengan perincian rel milik pemerintah sepanjang 4.089 km dan swasta sepanjang 3.375 km.
Pada tahun 1942, Pemerintah Hindia Belanda menyerah tanpa syarat kepada Jepang. Sejak saat itu, perkeretaapian Indonesia diambil alih Jepang dan berubah nama menjadi Rikuyu Sokyuku (Dinas Kereta Api). Selama penguasaan Jepang, operasional kereta api hanya diutamakan untuk kepentingan perang.

Salah satu pembangunan di era Jepang, adalah lintas Saketi-Bayah dan Muaro-Pekanbaru untuk pengangkutan hasil tambang batu bara guna menjalankan mesin-mesin perang mereka. Namun, Jepang juga melakukan pembongkaran rel sepanjang 473 km yang diangkut ke Burma untuk pembangunan kereta api disana.
Setelah Indonesia memproklamasikan kemerdekaan pada tanggal 17 Agustus 1945. Berselang beberapa hari kemudian Pemerintah Indonesia mengambil alih stasiun dan kantor pusat kereta api yang dikuasai Jepang.
Puncaknya, pengambil alihan Kantor Pusat Kereta Api Bandung, tanggal 28 September 1945. Sejak itu, setiap tanggal 28 September, dikenal menjadi Hari Kereta Api Indonesia. Hal ini sekaligus menandai berdirinya, Djawatan Kereta Api Indonesia Republik Indonesia (DKARI).