Jasad Sultan Khairun yang dibuang ke tengah laut memicu kemurkaan warga Ternate dan raja-raja di Maluku. Mereka kemudian mengangkat Baabullah sebagai Sultan.
Karena kematian ayahnya, Sultan Baab bersumpah mengusir penjajahan Portugis dari Tanah Ternate. Baab lalu menikahi seorang puteri dari Kesultanan Tidore untuk menguatkan posisinya.
Dia juga mengajak para raja Maluku untuk sejenak menyisikam perselisihan di antara mereka guna melakukan perlawanan terhadap Portugis.
Pada 1570, Sutan Baab memimpin langsung pengepungan ke Benteng Gamlamo untuk mengusir Portugis. Dia berhasil mengusir penjajah dalam waktu singkat.
Kemudian, Sultan Baab juga berhasil mengusir Portugis dari Ambon dengan mengirim pasukannya pada 1570-1571.
Keberhasilan demi keberhasilan diraih Sultan Baab dalam mengusir Portugis seperti memimpin pengusiran Portugis di Buton, Selayar dan Makassar dari 1571-1575.