Namun, ada pula yang berpendapat Syekh Siti Jenar wafat secara moksa, dimana jasadnya menghilang terserap menjadi ruh dan terbang ke surga.
Teori lain, makam Syekh Siti Jenar yang memiliki nama asli Raden Abdul Jalil berada di kompleks Makam Kalinyamat di sekitar Mesjid Mantingan, Kecamatan Tahunan, Kabupaten Jepara.
Di komplek ini juga terdapat makam Ratu Kalinyamat, Sultan Hadlirin, dan beberapa makam kerabat Ratu Kalinyamat. Kalinyamat adalah seorang ratu dengan nama asli Retna Kencana, puteri Sultan Trenggono yang merupakan Raja Demak (1521-1546).
Namun masyarakat Jepara meyakini bahwa makam Syekh Siti Jenar berada di desa Lemah Abang, Jepara. Ada lagi yang menyebut bahwa makamnya berada di desa Balong Kecamatan Kembang Kabupaten Jepara, Jawa Tengah.
Masyarakat Desa Lemah Abang, Kecamatan Doro, Pekalongan percaya bahwa makam Syekh Siti Jenar ada di daerahnya. petilasan ini berada di daerah tinggi dan terdapat beberapa pohon besar di sekitarnya, yang tidak jauh dari pemukiman penduduk.
Pada sekitar petilasan terdapat sejumlah makam yang terletak di bagian kiri dan kanan jalan masuk ke tempat bangunan utama petilasan yang hanya terdapat satu makam.
Di makam Syekh Siti Jenar itu setiap satu tahun sekali di peringati khaul.
Terdapat pula pendapat bahwa Syekh Siti Jenar dimakamkan di bawah pengimanan masjid Demak. Sengaja dimakamkan di sana sehingga tidak bisa dicari pengikutnya.
(Khafid Mardiyansyah)