Seperti disebutkan oleh Pdt. Dr F.C. Kamma, “Orang-orang Papua bekerja di kapal-kapal orang Tidore sebagai pendayung. Pelayaran terjauh yang mereka lakukan, yang kita ketahui dari data-data resmi, mereka berlayar jauh sampai ke laut Jawa, bahkan semenanjung Malaka dan sekitarnya dan mengancam alur perdagangan di laut Jawa hingga Selat Malaka seperti di sebutkan dalam catatan Pieter Mijer gubernur-jenderal Hindia Belanda yang ke-53. ia memerintah antara tahun 1866–1872” (Kamma, 1981:62). Selain itu, catatan sejarah kontak orang asli Papua dengan bangsa asing dapat pula diendus melalui berbagai peninggalan lain, yang menurut pendapat Balai Arkeologi Papua dipastikan lebih lama sekitar 3500 – 2500 tahun silam. Seperti artefak kapak corong dan kapak mata bundar di kawasan Danau Sentani misalnya. Hal ini mengindikasikan adanya jaringan perdagangan orang berbudaya “Lapita”, yang adalah salah satu jaringan dagang yang paling mula-mula sekaligus paling luas jangkauannya pada jaman prasejarah, hingga mencapai Sabah di barat dan kepulauan Fiji di timur.
"Demikian dapat disebutkan bahwa Integrasi politik Tanah Papua ke dalam wilayah NKRI bukan saja terjadi pada tanggal 1 Mei 1963, tetapi sejauh ratusan tahun silam, Papua telah menjadi wilayah kesatuan maritim, kesatuan politik, kesatuan ekonomi dan kesatuan sosial-budaya yang utuh dengan kawasan lainnya di Nusantara,"katanya.
"Jikalau kita percaya bahwa sejarah umat manusia dipimpin oleh Tuhan Yang Maha Kuasa yang berperintah menurut kebesaran kedaulatanNya, maka sudah barang tentu sejarah Tanah Papua juga dipimpin dan diatur oleh Tuhan menurut kebebasan kehendak dan kuasa-Nya,"sambungnya.
Para teolog Protestan Papua mencatatkan beberapa pemikiran kritis historis atas integrasi Tanah Papua ke dalam NKRI sebagai berikut:
Pertama ; Integrasi Papua ke dalam Indonesia dipersiapkan oleh Tuhan pemimpin sejarah jauh sebelum 1 Mei 1963. Tuhan menetapkan garis linier kesejarahan Tanah Papua dengan kepulauan sebelah Barat Tanah Papua yaitu Indonesia dan bukan sebaliknya ke sebelah Timur dengan kepulauan Pasifik atau ke selatan dengan Benua Australia.
Bukan pula ke Utara dengan kepulauan Jepang. Melainkan kedatangan para pekabar injil (misionaris) pertama ke Tanah Papua, datang dari Batavia (Jakarta), belajar Bahasa Indonesia (Melayu) di Batavia sebelum ke Tidore sebagai basis akhir menuju Tanah Papua. Menurut sejarawan Indonesia Des Alwi, di Tidore pada tahun 1825 tercatat 25.000 orang Papua yang tinggal dan bekerja disana dan di pulau-pulau lain di Maluku Utara sampai Sulawesi Utara.