Kemudian pada 1941 – 1942, Haji Salahuddin Bin Talabuddin bersama dengan 6 orang pengikutnya mengibarkan bendera merah-putih di Tanjung Ngolopopo.Haji Salahuddin dan istri beserta 4 orang pengikutnya ditangkap Pemerintah kolonial.
Isterinya dibuang dan dipenjara di Makassar. Haji Salahuddin dibuang di Nusakambangan bersama 2 orang pengikutnya. Dari Nusakambangan, Ia dipindahkan ke Boven Digul, sementara kawannya yang lain tetap di Nusakambangan. Di Boven Digul Ia bertemu dengan tokoh-tokoh pergerakan politik dan menghabiskan hari-harinya berdiskusi sesama buangan. Hanya saja tidak diperoleh informasi lanjut dengan siapa saja Ia bertemu di Boven Digul
Pada 1942 – 1946, Haji Salahuddin Bin Talabuddin kembali ke Gebe, Selama di Gebe Ia kembali menggiatkan organisasi SJII dan karena organisasinya bertumbuh besar, Ia memindahkan kegiatannya ke Patani ; Perjuangan SJII bukan semata-mata perjuangan agama karena keanggotaan SJII, terdapat juga kelompokkelompok masyarakat /orang-orang yang beragama Kristen. Dengan begitu disimpulkan bahwa SJII adalah organisasi yang memperjuangkan kemerdekaan. Demikian mengutip laman Setneg.
Dalam Dimensi Islam, fatwanya yang utama adalah “Haram hukumnya rakyat bekerjasama dengan Belanda” dan siapa pun yang ketahuan menjadi kaki-tangan Belanda akan diberi hukuman yang setimpal.Di Patani, Ia mengobarkan Perjuangan Anti Belanda; dan membentuk Sayap Militer yang dipersenjatai dengan senjata-senjata tradisional, usaha pembuatan senjata tradisional dengan berbagai bentuk diusahakan masyarakat di seluruh daerah Patani untuk mempersiapkan sayap militer SJII.
Gerakan ini sangat meresahkan Pemerintah Belanda yang berkuasa kembali selepas Jepang kalah.
Tahun 1947, Hampir semua penduduk di Patani siap perang jika Belanda kembali berkuasa, seruan merah-putih menggema di mana-mana. Belanda akhirnya mengirim polisi untuk berpatroli dan meredam gerakan merah-putih di Weda. Haji Salahuddin dituduh menyebarkan aliran sesat, dan akhirnya dikirim patroli polisi untuk meredam Gerakan merah-putih dan kemudian terjadi bentrok beberapa kali antara polisi Belanda dan Pengikut SJII ; Pertama 11 orang meninggal, kemudian pada bentrok selanjutnya 30 orang meninggal setelah Belanda menggunakan kapal perang, mengangkut pasukan dan pertempuran diantara keduanya tidak bisa dihindari.