Belanda juga pernah memfungsikan Pulau Onrust sebagai Pangkalan Angkatan Laut pada 1848. Namun, porak-poranda setelat diterjang tsunami letusan gunung Krakatau tahun 1883.
Seiring waktu, kegiatan karantina haji dipindahkan ke Pelabuhan Tanjung Priok pada tahun 1933. Pulau Onrust oleh pemerintah di awal kemerdekaan juga pernah dimanfaatkan sebagai rumah sakit karantina bagi penderita penyakit menular.
Pengawasannya berada di bawah Departemen Kesehatan RI hingga awal 1960. Namun, Pulau Onrust kembali berubah fungsi dengan menjadi tempat menampung gelandangan dan pengemis serta untuk latihan militer sejak 1960 sampai 1965.
Peristiwa penjarahan besar-besaran yang terjadi di Pulau Onrust pada 1968 membuat bangunan bersejarah rusak dan tinggal puing-puing.
(Arief Setyadi )