Perang akhirnya dimenangkan oleh pihak Mataram. Pada 1636 Giri Kedaton benar-benar takluk terhadap Mataram. Sunan Kawis Guwa dipersilakan untuk tetap memimpin Giri, dengan syarat harus tunduk kepada Mataram. Sejak saat itulah wibawa Giri Kedaton pun memudar.
Pengganti Sunan Kawis Guwa tidak lagi bergelar Sunan Giri, melainkan bergelar Panembahan Ageng Giri Gelar Panembahan dan Giri, lalu memengaruhi penguasa Kerajaan Tanjungpura di Kalimantan Barat ketika memeluk Islam menggunakan gelar Panembahan Giri Kusuma.
Keruntuhan Kerajaan Giri Kedaton tergolong ironis, pasalnya Sunan Giri pendiri Kerajaan Giri Kedaton sendiri yang meramalkan, bahwa anak turun Ki Ageng Pamanahan bakal menjadi raja besar dan menguasai Pulau Jawa. Tetapi kerajaan yang didirikan Sunan Giri Justru diserang dan diruntuhkan oleh anak keturunan Ki Ageng Pamanahan sendiri, yang dahulu diramalkan oleh Sunan Giri.
(Awaludin)