Setelah menyelesaikan tugas tersebut, Ahmad Yani melanjutkan pendidikan di Command and General Staff College di Amerika Serikat, meskipun hal ini kemudian dijadikan bahan tuduhan oleh PKI yang menuduhnya sebagai antek Amerika.
Pada 1958, Ahmad Yani diangkat sebagai Komandan Komando Operasi 17 Agustus di Padang, Sumatera Barat, untuk menumpas pemberontakan Pemerintahan Revolusioner Republik Indonesia (PRRI). Ahmad Yani juga memainkan peran penting dalam perebutan Irian Barat, yang membuat Presiden Soekarno sangat mengapresiasi keberadaannya.
Pada 1962, Ahmad Yani diangkat sebagai Kepala Staf Angkatan Darat (KSAD). Namun, ia difitnah PKI yang menuduhnya merencanakan kudeta terhadap Presiden Soekarno. Pada dini hari 1 Oktober 1965, Ahmad Yani diculik dan dibunuh oleh gerombolan PKI, dan jasadnya ditemukan di Lubang Buaya.
"Beliau sempat diisukan pengkhianat (oleh PKI). Bapak kan memimpin dewan jenderal yang memang biasanya untuk membahas kenaikan pangkat perwira. Tapi isu itu dibuat-buat PKI, difitnah bahwa dewan jenderal untuk menggulingkan Soekarno. Nah, akhirnya pecahlah itu G30S (Gerakan 30 September 1965),” kata Amelia.