Ikatan rasa saling percaya dan kerjasama antara pasukan Pangeran Diponegoro dan penduduk desa setempat sudah rusak. Tanpa dukungan rakyat, tidak mungkin lagi Pangeran melancarkan perang gerilya dengan berhasil.
Di sisi lain ini mempengaruhi nasib keselamatan Pangeran Diponegoro. Sang pangeran mulai berada di titik nadir, pada 21 September 1829 Pangeran Ngabehi, panglima paling senior yang tersisa, bersama dua putranya, terbunuh dalam pertempuran sengit di Pegunungan Kelir yang ada di perbatasan Bagelen - Mataram.
Tak lama kemudian, pada 11 November 1829 Pangeran Diponegoro nyaris tertangkap oleh pasukan gerak cepat ke-11 yang dikomandoi oleh Mayor A. V. Michiels di Pegunungan Gowong. Diponegoro lalu memutuskan untuk masuk ke hutan-hutan di sebelah barat Bagelen dengan hanya ditemani dua punakawan atau pengiring terdekat, yakni Bantengwerang dan Roto.