Bung Karno juga berseru kepada golongan loyalis untuk merebut Madiun. “Pilih Soekarno-Hatta atau Musso dengan PKI nya,” tegas Soekarno.
Tak tinggal diam, pada 23 September 1948, Amir berusaha membalas Soekarno dengan pidato tandingan yang menyatakan menolak tuduhan kudeta. Amir juga berusaha mendinginkan suasana politik.
“Pidato Amir melalui radio Madiun menolak tuduhan kudeta kaum komunis di Madiun, dan berusaha meredakan suasana,” ujarnya.
Pemerintahan Soekarno kukuh menganggap peristiwa Madiun yang berhasil dipadamkan sebagai upaya pemberontakan. Amir yang menjalani interview di penjara Kudus pada 2 Desember 1948, tetap menyangkal tuduhan kudeta yang direncanakannya.
Dua hari kemudian atau 4 Desember 1948, Amir bersama dua koleganya dipindah ke rumah tahanan di Benteng Yogyakarta. Sebelumnya, ia diarak keliling kota sebagai pesakitan politik.
Amir secara diam-diam dibawa ke Solo, Jawa Tengah masih di bulan Desember 1948. Ia diangkut dengan truk bersama sebelas orang tahanan politik lain. Pada tengah malam 19 Desember 1948, Amir, pesakitan pertama dieksekusi mati di wilayah Desa Ngalihan, dekat Solo.
(Awaludin)