Setelah berhasil masuk, pasukan tak dikenal ini akhirnya menembak seorang pelayan yang tengah tidur. Lalu pasukan tak dikenal ini berteriak dengan lantang untuk menyuruh DI Panjaitan turun ke bawah.
Ia akhirnya turun ke bawah, dengan berseragam lengkap dengan topinya. Setelah itu ia lebih memilih untuk berdoa kepada yang Kuasa, Tuhan Yang Maha Esa. Seakan ia tak gentar dan tak menghiraukan pasukan tak dikenal ini ia terus berdoa. Hingga akhirnya pasukan tak dikenal ini menembak mati DI Panjaitan. Jasadnya di buang ke sumur tua daerah Lubang Buaya.
Tanggal 4 Oktober 1965 mayatnya pun kemudian ditemukan dan di makamkan di makam taman pahlawan di Kalibata.
(Rina Anggraeni)