PERANG GIYANTI mempengaruhi peta wilayah Kesultanan Yogyakarta, termasuk di Madiun. Pusat pemerintahan Kabupaten Madiun kala itu pindah dari Istana Wonosari ke Istana Kranggan. Hal ini bermula dari penunjukan Raden Ronggo Prawirodirjo I sebagai Bupati Madiun oleh Sultan Hamengkubuwono I pada akhir 1750-an.
Hal tersebut tidak lepas dari konteks politik Jawa setelah Perang Giyanti dan bertahtanya Sultan Hamengkubuwono I (1749-92). Pada periode awal itu, muncul masalah yang melibatkan Bupati Mangkudipuro dan Bupati Sawoo (Ponorogo).
Masalah itu bermula dari usaha pemboikotan yang dilakukan oleh kedua bupati atas kewajiban-kewajiban yang dikenakan oleh VOC. Tindakan kedua bupati tersebut mengharuskan mereka berhadapan dengan Sultan Hamengkubuwono I.
Sebab, usai Perjanjian Giyanti, Madiun merupakan bagian wilayah Kesultanan Yogyakarta, dikutip dari buku "Benteng Terakhir Kesultanan Yogyakarta : Riwayat Raden Ronggo Prawirodirjo III dari Madiun sekitar 1779 - 1810".