Kartosuwiryo akhirnya dieksekusi pada 5 September 1962. Dalam surat terakhirnya, pria kelahiran 7 Januari 1907 itu menyampaikan sejumlah pesan bagi para pengikutnya.
Di antaranya, ia menegaskan bahwa hingga detik terakhir kematian, ia tetap bertindak dan berbuat selaku imam, panglima tertinggi Angkatan Perang Negara Islam Indonesia (APNII).
Proses hukum Kartosuwiryo sendiri tidak digelar di gedung pengadilan, sebab saat itu masa transisi. Ketika itu Indonesia sedang menata semua aspek kehidupan, seperti di sektor ekonomi, sosial, dan hukum. "Karena waktu itu situasinya berbeda," imbuhnya.
Kartosuwiryo dieksekusi di wilayah Kepulauan Seribu sekira pukul 05.50 WIB. Jenazahnya kemudian dikebumikan di salah satu permakaman di wilayah kepulauan tersebut.
(Randy Wirayudha)