Ternyata itu isinya sebuah maklumat untuk disiarkan melalui RRI. Maklumat di mana Perdana Menteri Hatta ingin perang gerilya terus dilakukan meski Kota Yogyakarta sudah diserbu, serta maklumat untuk Sjafruddin Prawiranegara untuk membentuk Pemerintahan Darurat Republik Indonesia (PDRI) di Bukittinggi
Selepas dari RRI, dia mendengar bahwa Presiden Soekarno dan Wakil Presiden/Perdana Menteri Hatta ditahan Belanda. AR Baswedan juga sempat ditahan Belanda saat pulang ke rumah kontrakannya di Jalan Willis, Kotabaru, Yogyakarta.
“Tapi AR (Baswedan) tak mendapat siksaan berkat bantuan dan simpati seorang tentara Belanda yang pernah diselamatkan pamannya, Umar Baswedan di Semarang,” tulis M Husnil di biografi Anies Baswedan, ‘Melunasi Janji Kemerdekaan’.
Pun begitu, setidaknya selama beberapa hari AR Baswedan sempat merasakan dinginnya dinding penjara. Sementara anak-anaknya sudah diungsikan ke Solo. Tapi sekeluarnya dari penjara, AR Baswedan mesti dilarikan ke Rumah Sakit Panti Rapih karena sakit ginjal.
Meski begitu, AR Baswedan tak mendapatkan perawatan hingga pulih. Malah, dia harus kembali berjualan pakaian dan kantung teh demi mengais rezeki halal. AR Baswedan juga sempat “menumpang” untuk tinggal di Jalan Jetis.
Hingga akhirnya teman-temannya menyarankan AR Baswedan menikah lagi. Tapi selama revolusi kemerdekaan belum berakhir, AR Baswedan tetap menduda. Baru pada 1950, dia menikah lagi dengan Barkah Ganis, seorang janda yang sedianya pernah dikenalnya semasa jadi aktivis di Partai Arab Indonesia (PAI).