Pada masa Pemerintahan Presiden Soeharto, ibu kota tercatat pernah beberapa kali terendam banjir salah satunya pada Pada 6-9 Januari 1996, Jakarta terendam setelah hujan dua hari. Sebulan kemudian, 9-13 Februari 1996, tiga hari hujan lebat dengan curah lima kali lipat di atas normal, merendam Jakarta setinggi 7 meter.
Akibat banjir, 529 rumah hanyut, 398 rusak. Korban mencapai 20 jiwa, 30.000 pengungsi. Nilai kerusakan mencapai USD 435 juta.
Tidak sampai disitu banjir besar tercatat kembali terjadi pada pada 13 Januari 1997. Hujan deras selama 2 hari menyebabkan 4 kelurahan di Jakarta Timur alibat luapan Sungai Cipinang, 754 rumah, 2640 jiwa terendam air sekitar 80 cm.
Selain itu beberapa jalan utama di Jakarta Barat dan Jakarta Pusat pun lumpuh akibat banjir. Banjir pada tahun ini juga menyebabkan sarana telekomunikasi dan listrik mati total.
Pada 26 Januari 1999 banjir terjadi lagi di Jakarta, Tangerang, dan Bekasi. Ribuan rumah terendam, 6 korban tewas, 30.000 jiwa mengungsi.
2007
Pada 2-4 Februari 2007 Jakarta dalam kondisi darurat. Banjir menggenangi sekitar 60 persen wilayah Jakarta. Sebanyak 150.000 jiwa mengungsi, 1379 gardu induk terganggu, 420.000 pelanggan listrik terganggu.
Banjir yang terjadi pada era Gubernur Sutiyoso itu tercatat sebagai salah satu banjir terparah. Sebanyak 60 persen wilayah Jakarta pada saat itu terendam, dan 80 jiwa menjadi korban dalam tempo 10 hari, ada yang terseret arus, tersengat listrik, dan sakit.