Siang hari berikutnya, satu regu pasukan berkuda VOC tiba di rumah Habib, berusaha menangkap dan membawa 'buronan' tersebut dari tangan Habib. Tetapi dengan tegar Habib Husein membela tawanan itu seraya berkata: "Saya akan melindungi tawanan ini dan saya menjadi jaminannya."
Mendengar kata-kata tegas Habib Husein, regu VOC itu mengurungkan niatnya dan membebaskan orang tersebut dari pertikaian. Tawanan Tionghoa itu sangat berterima kasih kepada Habib Husein atas pertolongan dan perlindungannya, serta bersedia menerima apa saja perintah Habib, bahkan ia mengakui Islam sebagai agamanya.
Nama Habib Husein makin dikenal oleh banyak orang. Di sekitar lingkungan tempat tinggalnya, makin banyak pendatang yang bermukim. Namun, pihak Kompeni Belanda justru mencurigai pengaruh dan kharisma Habib. Kalau dibiarkan terus, dikhawatirkan dapat mengganggu kedudukan Kompeni sebagai penguasa waktu itu. Maka diambillah tindakan, Habib beserta pengikutnya dijatuhi hukuman tahanan di wilayah Pancoran (Glodok), rumah tahanan itu dikenal dengan nama "Seksi Dua".
Para petugas tahanan merasa heran melihat Habib Husein setiap tengah malam hingga menjelang Subuh mengimami shalat dalam ruangan besar rumah tahanan itu. Masyakarat di luar pun ikut serta bermakmum. Tapi pada saat bersamaan, para petugas tahanan mendapatkan Habib sedang tidur nyenyak di dalam kamarnya yang selalu terkunci. Setelah kejadian itu, Kompeni Belanda meminta maaf atas penahanan itu, lalu membebaskan Habib Husein beserta pengikutnya, sebab memang tidak ada alasan hukum yang kuat untuk menahannya.
Yang menarik, ada seorang Belanda yang menjabat Komisaris merasa berhutang budi pada Habib Husein, ketika ia meminta Habib meramalkan nasib putranya. Kata Habib, kelak si sinyo (anak Belanda) itu akan menjadi orang besar di negeri ini. Terbukti, tidak berapa lama setelah lulus dari pendidikan, putranya itu dipercaya menduduki jabatan Gubernur di Batavia. Maka saat menjelang wafatnya, si Belanda tadi meninggalkan surat wasiat kepada anaknya agar memberi hadiah kepada Habib Husein.