Setelah diketahui bahwa basis G30S PKI berada di sekitar Halim Perdana Kusuma, pasukan langsung menuju ke sana. Tanggal 2 Oktober, Halim Perdana Kusuma diserang oleh satuan RPKAD di bawah komando Kolonel Sarwo Edhi Wibowo atas perintah Mayjen Soeharto. Pada pukul 12.00 siang, seluruh tempat itu telah berhasil dikuasai oleh TNI–AD.
Pada hari Minggu tanggal 3 Oktober 1965, pasukan RPKAD yang dipimpin oleh Mayor C.I Santoso berhasil menguasai daerah Lubang Buaya. Setelah usaha pencarian perwira TNI–AD dipergiat dan atas petunjuk Kopral Satu Polisi Sukirman yang sempat menjadi tawanan G30S PKI tetapi berhasil melarikan diri, mereka mendapat keterangan bahwa para perwira TNI AD tersebut di bawa ke Lubang Buaya.
Baca juga: Cirebon Pernah Dipimpin Fungsionaris PKI
Karena daerah terebut diselidiki secara intensif, akhirnya pada tanggal 3 Oktober 1965 ditemukan tempat para perwira yang diculik dan dibunuh tersebut. Mayat para perwira itu dimasukkan ke dalam sebuah sumur yang berdiameter ¾ meter dengan kedalaman kira-kira 12 meter, yang kemudian dikenal dengan nama Sumur Lubang Buaya.
Pada 4 Oktober, penggalian Sumur Lubang Buaya dilanjutkan kembali (karena ditunda pada tanggal 3 Oktober pukul 17.00 WIB hingga keesokan hari) yang diteruskan oleh pasukan Para Amfibi KKO–AL dan disaksikan pimpinan sementara TNI AD Mayjen Soeharto.
Baca juga: G30S PKI, Kisah Krisis Ekonomi pada 1960 hingga 1966