Dia menjelaskan di provinsi Khost, 25 orang tewas dan 90 dibawa ke rumah sakit.
"Jumlah korban tewas kemungkinan akan meningkat karena beberapa desa berada di daerah terpencil di pegunungan dan akan membutuhkan waktu untuk mengumpulkan rinciannya," katanya.
Pihak berwenang telah meluncurkan operasi penyelamatan dan helikopter digunakan untuk menjangkau yang terluka dan mengambil pasokan medis dan makanan.
EMSC di Twitter mengatakan getaran gempa terasa oleh sekitar 119 juta orang di Pakistan, Afghanistan dan India.
Tidak ada laporan segera mengenai kerusakan atau korban di Pakistan.
Bencana itu terjadi ketika Afghanistan telah mengalami krisis ekonomi yang parah sejak Taliban mengambil alih Agustus, ketika pasukan internasional pimpinan AS ditarik setelah dua dekade perang.
Menanggapi pengambilalihan Taliban, banyak pemerintah telah menjatuhkan sanksi pada sektor perbankan Afghanistan dan memotong bantuan pembangunan senilai miliaran dolar.