Pada bulan April 1980 Doe memimpin serangan oleh sekelompok tentara Krahn di rumah eksekutif Liberia, membunuh Presiden William R. Tolbert. Belakangan, 13 rekan Tolbert terkemuka diadili dan dieksekusi.
Setelah kudeta, Doe mengambil pangkat jenderal dan mendirikan Dewan Penebusan Rakyat (RRC) yang terdiri dari dirinya sendiri dan 14 perwira berpangkat rendah lainnya untuk pemerintah negara.
Doe menangguhkan konstitusi negara hingga tahun 1984, ketika konstitusi baru disetujui melalui referendum. Pada tahun 1985 ia memenangkan pemilihan presiden yang dikecam sebagai penipuan oleh beberapa pengamat. Doe menghadapi tentangan baik di dalam maupun luar negeri, di mana rezimnya sering digambarkan korup dan brutal. Masa jabatannya dibebani oleh kondisi ekonomi yang memburuk, dan hidupnya terus-menerus terancam oleh upaya dan rencana pembunuhan, yang dia tekan dengan kebrutalan yang luar biasa.
Tindakan ini, bersama dengan favoritisme Doe terhadap suku Krahnnya sendiri, memicu pemberontakan terhadapnya yang dimulai di Liberia timur pada akhir 1989. Pada Juli 1990, pasukan pemberontak telah maju ke ibu kota Monrovia, tetapi Doe menolak menyerahkan kekuasaan. Saat perang saudara berlanjut, dia ditangkap dan dibunuh