Bintang Soeharto mulai bersinar saat Ahmad Yani dan stafnya merekrut Soeharto sebagai agen rahasia dalam menggembosi kampanye anti-Malaysia Soekarno. Pada awalnya, para jenderal AD ini tidak menolak rencana Soekarno mengonfrontasi Malaysia sejak September 1963. Tetapi belakangan, ketika pertempuran kecil menghebat pada 1964, mereka mulai berubah pikiran.
Salah satu alasan berubahnya pikiran para jenderal kanan dalam AD menolak kebijakan konfrontasi Soekarno adalah masalah dana. Namun begitu, para jenderal ini tidak ingin berkonfrontasi langsung dengan Soekarno dan PKI.
Politik yang dimainkan AD saat itu adalah muka dua, yakni mendukung konfrontasi Malaysia dan menolaknya sekaligus. Dengan perlahan tetapi pasti, mereka juga memengaruhi Soekarno untuk memberi nama baru komando multifungsi ini menjadi Komando Mandala Siaga (Kolaga), pada September 1964, dan memintanya agar memasukkan Soeharto sebagai Wakil Panglima Kolaga.
Usul AD untuk memasukkan Soeharto sebagai Wakil Panglima Kolaga disetujui pada 1 Januari 1965. Dengan mulai pulihnya kekuasaan Soeharto dalam AD, bersama agen-agennya di Kostrad dia menyabot konfrontasi dengan Malaysia. Soeharto mulai menghubungi wakil-wakil Malaysia dan Inggris secara diam-diam dan menyakinkan mereka, bahwa AD telah berubah haluan menentang pertempuran-pertempuran kecil dengan pasukan Malaysia dan Inggris dan akan membatasi diri.
Untuk memuluskan rencananya, Soeharto meminta bantuan perwira intelijennya di Kostrad, yakni Ali Moertopo dan orang-orang sipil yang pernah terlibat dalam peristiwa PRRI/PERMESTA dan hidup dalam pengasingan di Singapura dan Malaysia, agar kembali ke Indonesia dan turut menghentikan konfrontasi dengan Malaysia.
Soeharto juga meminta sahabatnya Kolonel Yoga Sugama dari Belgrado untuk kembali ke Indonesia dan menggantikan Ali Moertopo dalam memimpin operasi menghentikan konfrontasi dengan Malaysia, dan mengirim perwira Kostrad Benny Moerdani ke Bangkok untuk menghubungi para pejabat yang pro-Barat di sana dengan menyamar sebagai manajer penjualan Garuda.
Dalam analisanya, kelompok Soeharto berpendapat bahwa konfrontasi dengan Malaysia merugikan AD, karena akan menjauhkan misi AD yang didukung AS dan CIA dalam kampanye melawan PKI. Hal ini tertuang dalam laporan rahasia intelijen Kostrad, pada tahun 1964 yang menyatakan, konfrontasi mengacaukan upaya AD untuk mengendalikan PKI.
Setelah konfrontasi Malaysia bisa diselesaikan, AS dan CIA melihat kemampuan Soeharto dalam mengatasi "keadaan" dapat diandalkan dalam misi menggulingkan Soekarno dari kekuasaan dan menghancurkan PKI. Ketika kondisi kesehatan Seokarno memburuk akibat ginjalnya yang harus dioperasi, kelompok Soeharto dari Kostrad mulai mengembuskan provokasi tentang ancaman PKI yang akan mengambil alih kekuasaan dan sangat membahayakan AD.
Menurut analisa CIA yang telah diterbitkan tentang G30S, sejak Januari 1965, Kelompok Pemikir Jenderal AD yang terdiri dari Jenderal Suprapto, Jenderal Harjono, Jenderal Parman, dan Jenderal Sukendro sering membuat pertemuan rutin dan rahasia untuk merundingkan situasi terburuk yang akan terjadi dan tugas AD.
Pimpinan kelompok ini adalah A Yani. Kelompok rahasia Yani ini bocor ke telinga Soekarno dan Yani dipanggil ke Istana Negara untuk dimintai keterangan, pada 22 Mei 1965. Kepada Soekarno, Yani memaparkan apa yang didengarnya sebagai Dewan Jenderal. Menurut Yani, banyak orang telah salah kaprah dalam menyebut Dewan Jenderal yang sebenarnya adalah dewan kenaikan pangkat di kalangan perwira tinggi AD, Dewan Jabatan dan Kepangkatan Tinggi (Wanjakti).
Namun, Duta Besar AD Howard Jones menyebut bahwa diskusi Kelompok Yani yang dilangsungan antara tahun 1965 adalah untuk menyusun rencana khusus mengambil alih pemerintahan pada saat Soekarno turun panggung. Hal ini dilaporkan informan AS yang ikut dalam rapat dengan Jenderal Parman yang merupakan anggota dari kelompok rahasia Yani. Untuk memastikan informasi yang didengarnya dan mengetahui sejauh mana kebenaran hubungan Indonesia-AS, pada April 1965, Diplomat AS Ellsworth Bunker diutus Pentagon ke Jakarta. Dalam pandangan Bunker yang menyeluruh, dilaporkan bahwa sangat sulit untuk menghadapi Soekarno secara terbuka dan terang-terangan, karena harapan rakyat yang besar terhadapnya.
"Tidak perlu disangsikan kesetiaan rakyat yang tidak bisa diserang itu. Bangsa Indonesia dalam sangat mengharapkan kepemimpinan darinya, mempercayai kepemimpinannya, dan bersedia mengikutinya," tulis Bunker kepada Presiden Johnson.
Dalam laporannya itu, dia melanjutkan bahwa tidak ada kekuatan di Tanah Air yang bisa menyerangnya, tidak pula ada bukti bahwa suatu kelompok penting ingin berbuat demikian.
Assistant Professor di Departemen Sejarah University of British Columbia, Vancouver, Kanada, John Roosa melihat, bahwa cukup beralasan ketika dibutuhkan dalih untuk menghancurkan PKI dengan cara hendak menyelamatkan Soekarno, dan AD harus tampil sebagai penyelamat itu, bukan sebagai penggali liang kubur bagi dirinya sendiri.
Saat terjadi Gerakan September Tiga Puluh atau Gestapu, skenario lama AS dan CIA, serta AD, akhirnya mendapatkan momennya yang tepat. Apalagi, dalam peristiwa itu AD jadi memiliki dalih untuk menghancurkan PKI dan menggulingkan Soekarno. Skenario dibuat dalam beberapa tahapan sesuai dengan laporan Bunker, bahwa AD harus berperan seolah-olah menyelamatkan Soekarno dan menuding PKI melakukan kup, lalu melancarkan represi besar-besaran terhadap PKI di seluruh negeri, dan tetap mempertahankan Soekarno sebagai Presiden boneka, serta membangun pemerintahan baru yang dikuasai oleh AD.