Harkitnas pada masa itu juga terjadi ketika bentrokan antara Partai Komunis Indonesia (PKI) dan partai-partai lain masih mengemuka. Pada momentum 40 tahun Harkitnas itu lah Soekarno ingin menyuntikkan semangat persatuan pada para partai yang berseteru itu.
Hasilnya, keluar sebuah manifest yang menyatakan perlunya program nasional untuk semua partai dan organisasi masyarakat (ormas).
Front Demokrasi Rakyat (FDR) bersama Partai Nasional Indonesia (PNI) dan Majelis Syura Muslimin Indonesia (Masyumi), punya pernyataan bersama terkait persatuan sikap untuk Indonesia yang merdeka dan demokratis.
Program Nasional itu juga menyentuh sejumlah partai lainnya untuk kemudian, menyusun kepanitiaan yang diisi A.M. Tambunan dari Parkindo (Partai Kristen Indonesia), Sujono Hadinoto dari PNI, Amir Sjafruddin dari Partai Sosialis, Dipa Nusantara Aidit dari PKI, Setiadjit (PBI), M. Saleh Suhadi (Masyumi) dan Saleh Suhadi (Masyumi).
Sayangnya Program Nasional itu gagal sepenuhnya disetujui lantaran pertentangan antarpartai saat itu masih sangat tajam. Sementara itu di Solo, Harkitnas ke-40 justru dimanfaatkan pasukan Panembahan Senopati untuk menggelar aksi protes.