Kesedihan itu pun jadi nyata ketika pada 1 Oktober dini hari, rumah mereka didatangi gerombolan Pasukan Tjakrabirawa dengan pakaian hijau-hijau, berhelm dan bersyal kuning. Setelah gedoran pintu tak dijawab, mereka pun mendobrak dan menembaki sekitaran paviliun rumah.
Dua keponakan DI Pandjaitan, Victor dan Albert Naiborhu jadi anggota keluarga pertama yang diseret selain tiga pembantu rumah tangga. Keduanya terluka parah kena tembakan, seraya berteriak agar paman mereka tak turun tangga dari kamarnya.
Sementara berondongan tembakan belum berhenti mengarah ke segala sudut rumah untuk memaksa jenderal bintang satu kelahiran Balige, Sumatera Utara, 19 Juni 1925 itu untuk keluar dari kamarnya.
Dengan motif yang sama ketika menculik jenderal lainnya, para gerombolan mengatakan DI Pandjaitan dipanggil menghadap Presiden. Mantan atase militer di Kedutaan RI untuk Jerman Barat itu pun merasa terpaksa menurut.
Dia pun keluar kamar setelah sebelumnya mengenakan pakaian dinas yang dibanggakannya. Setelah dibawa gerombolan ke teras rumah, DI Pandjaitan yang sedang dalam sikap doa, dihujamkan timah panas ke bagian kepala. Jasadnya seketika dilemparkan ke dalam truk yang membawa jenazahnya ke Lubang Buaya.