Tahun 2002 :
Sebuah granat manggis meledak di depan restoran ayam di kawasan Bulungan, Jakarta Selatan pada 1 Januari 2002. Satu orang dilaporkan tewas.
Pada 12 Oktober 2002, terjadi aksi bom bunuh diri yang mengguncang Pulau Dewata, Bali. Dua bom pertama meledak di Paddy's Pub dan Sari Club di Jalan Legian, Kuta, Bali. Bom ketiga meledak di dekat Kantor Konsulat Amerika Serikat, Jalan Hayam Wuruk 188, Denpasar. Sebanyak 202 korban yang mayoritas warga negara Australia tewas mengenaskan dan ratusan orang lainnya luka-luka.
Sebuah bom meledak di restoran McDonald's, di Kota Makassar pada 5 Desember 2002. Bom rakitan terbungkus wadah pelat berbahan baja itu meledak dan menewaskan tiga orang serta belasan lainnya 11 luka-luka.

Tahun 2003 :
Kompleks Mabes Polri, di Jalan Trunojoyo, Jakarta Selatan pada 3 Februari 2003 diteror oleh sebuah bom rakitan yang meledak di lobi Wisma Bhayangkari, Mabes Polri Jakarta. Beruntung tidak ada korban jiwa dlam peristiwa ini.
Bandara Soekarno-Hatta, pada 27 April 2003 juga tak lepas dari target ancaman bom. Kali ini sebuah bom rakitan meledak di area terminal 2F, dan menyebabkan dua orang luka berat dan beberapa lainnya ringan.
Hotel JW Marriott tak luput dari target kelompok teroris. Pada 5 Agustus 2003 sebuah bom mengguncang area Hotel JW Marriott dan menyebabkan 11 orang meregang nyawa dan ratusan orang lainnya mengalami luka-luka dan mendapat perawatan intensif di berbagai rumah sakit di Jakarta.